Toneladas de alimento/alimentos

Ambas son posibles. Se puede decir toneladas de alimento con independencia de que las toneladas sean de más de un tipo de alimento, la expresión solo indica de qué clase de mercancía se trata. Obviamente, si se dice toneladas de alimentos por tratarse de varios tipos de alimentos distintos, es igualmente correcto, en particular si se desea determinar de alguna manera la clase de alimentos: toneladas de alimentos envasados, toneladas de alimentos para animales, toneladas de alimentos frescos, etcétera.