Uso de la preposición "en" en expresiones como "la manera en que..."

¿Qué sería correcto: “hazlo de la manera que quieras” o “hazlo de la manera en que quieras”? Leyendo el diccionario panhispánico de dudas, se extrae la conclusión de que se debería anteponer la preposición “en” al relativo “que”, pero en estas estructuras de “la manera en que...” uno observa que en multitud de ejemplos la gente suele suprimir la preposición “en” e incluso en algunos casos suena mejor suprimirla. ¿En esta clase de estructuras es obligatoria la presencia de la preposición “en”?